Alguns autores têm afirmado que as notas marginais a Agostinho e a Pedro Lombardo já traria uma posição definida de Lutero em termos do conceito de graça.
Nestas notas, Lutero já expressaria sua rejeição à definição da graça como “qualidade”, colocando-se ao lado de Agostinho e de Pedro Lombardo, que compreendiam a graça primordialmente como “ação pessoal” de Deus.
Como conseqüência, a infusão da graça é identificada como a habitação do Espírito, e a distinção entre graça incriada (graça essencial ou Espírito Santo) e graça criada (graça como qualidade infusa) é rejeitada.
Lutero chega, em 1521, no Antilatomus a uma posição madura sobre o tema, quando distingue entre a "graça" (fé como justificação) e "dom" (fé como nova vida, ou a habitação do Espírito com seus dons).
No Comentário sobre Gálatas, de 1531/1535, Lutero rejeita tanto a doutrina ocamista com a doutrina tomista da justificação, visto que, em ambas, a "graça" seria apresentada como "uma qualidade na alma".
Segundo Horst Kasten (Taufe und Rechtfertigung), por exemplo, as referidas notas marginais dariam testemunho de importante desenvolvimento teológico de Lutero, no sentido de distanciamento da teologia escolástica, a partir da leitura das Sentenças de Pedro Lombardo e do tratato Da Trindade, de Agostinho.
Em Lombardo, mas também nas Escrituras (Filipenses 2.13), Lutero teria encontrado, segundo Kasten, o conceito da graça como a própria ação salvífica de Deus em oposição ao conceito escolástico da graça como substãncia ou qualidade infusa (p. 174).
Kasten alerta, no entanto, para o fato de que a crítica de Lutero à compreensão ontológica da graça na doutrina justificação não significa que a doutrina de Lutero afaste completamente do horizonte a questão ontológica (p. 176).
Na interpretação de Lutero, tem sido enfatizado que a rejeição do conceito escolástico da graça por Lutero representaria uma transição de uma concepção ôntica para um concepção existencial (relação pessoal) da justificação. A reação a essa interpretação, comum à teologia liberal e à teologia dialética, teve início com Regin Prenter, segundo o qual, a habitação do Espírito Santo seria habitação essencial e não somente influência da ação do Espírito sobre o cristão. Tuomo Mannermaa, Risto Saarinen e outros, desenvolvem a tese de Prenter, afirmando que, para Lutero, a justificação não seria mera relação existencial com Deus, mas a deificação do crente (theosis). Para Lutero, no entanto, a habitação do Espírito Santo não confere nova vida ao crente como "deificação" mas como "nova criação".
